Deniz ve içsular (yüzey suları) laboratuvarlarında göl, akarsu gibi tatlısularda ve deniz suyunda analiz yapma amacı ile kurulmuş laboratuvarlardır.
Bu laboratuvarlarda orto-fosfat, silikat, nitrit+nitrat azotu, toplam fosfor, AKM, pH, iletkenlik, tuzluluk, karbon ve azot analizi gibi analizler deniz ve içsular için gerçekleştirilmektedir. Deniz ve içsular laboratuvarları;
• İç Sular Analizleri Laboratuvarı
• Ekotoksikoloji Laboratuvarı
• Sediment Laboratuvarı
• Deniz Biyolojisi Laboratuvarı
• Deniz Kimyası Laboratuvarı
• Parmak izi Laboratuvarı
• Yüksek Başarımlı Modelleme Laboratuvarı
• Moleküler DNA Barkodlama Laboratuvarından oluşmaktadır.