Gıda güvenliği için hijyen kontrolü önemli bir konudur.Gıda hijyeni için gıdalara eklenen katkıların,kullanılan ekipmanın,çalışan personelin,kullanılan ambalajın,ortam havasının bakteri yükü araştırılır.Gıdaların hem tüketime hazır hali hem de geçmekte olduğu proseslerin güvenilirliği için mikrobiyolojik analizlerin yapıldığı laboratuvarlardır.Araştırılan mikroorganizmalara örnek olarak E.coli-salmonella-vibrio-enterokoklar-bacillus cereus verilebilir. Mikroorganizmaların gıdalarda üretmiş olduğu enzim aktiviteleri,besin maddelerinin yıkımı ve yeni metobolitlerin üretimi ile gıdanın bozulmaya başlamasına neden olur. Bozulma ve raf ömrü süresinin dışında oluşan mikroorganizmalar patojen özellikte ise sağlık riski oluşturur.Bu laboratuvarlarda patojen,indikatör ve gıdanın bozulmasına neden olan tüm mikroorganizmaların tespit ve analizi gerçekleştirilmektedir.
