Numunelerin analiz öncesinde filtre edilmesi kolon ve frit tıkanıklığının oluşmaması, dedektör, pompa, gibi cihaz parçalarının korunması açısından önem taşımaktadır. Örnek süzmeden kullanılacak şırınga ucu filtre seçiminde örnek hacmi, kolon dolgu maddesinin boyutu dikkate alınmalıdır. Filtrenin çapı süzülmesi istenilen örnek hacmine göre, gözenek boyutu ise yapılacak olan çalışmaya ve kullanılan kolon dolgu maddesinin boyutuna göre seçilmelidir.
